Legalitas keberadaan dan pengelolaan tentang KKP pada umumnya, maupun yang terperinci mengatur tentang KKP Kepulauan Raja Ampat, diatur melalui aturan di beragam tingkatan pemerintah, mulai dari peraturan pemerintah, peraturan dan keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan, hingga kepada Peraturan Gubernur (Pergub) Provinsi Papua Barat Daya.
Di tingkat regional, KKP Kepulauan Raja Ampat dan unit pengelolanya diatur melalui beragam Peraturan Gubernur (Pergub) Papua Barat Daya. Sebagai Daerah Otonomi Baru (DOB) yang resmi terbentuk pada akhir tahun 2022, Papua Barat Daya kini sedang mempersiapkan RZWP-3-K serta revisi atas Rencana Pengelolaan dan Rencana Zonasi KKP Kepulauan Raja Ampat.
Sebagai Daerah Otonomi Baru (DOB) yang resmi terbentuk pada akhir tahun 2022, Papua Barat Daya kini sedang mempersiapkan RZWP-3-K serta revisi atas Rencana Pengelolaan dan Rencana Zonasi KKP Kepulauan Raja Ampat.