Berikut ini adalah beberapa peraturan perundang-undangan tertinggi berdasarkan kronologi, yang merupakan dasar hukum mengenai keberadaan dari kawasan konservasi perairan serta tugas pokok dan fungsi dari pengelolaannya.
UU No. 23 Tahun 2014
Tentang Pemerintahan Daerah
UU ini merevisi UU No. 32 Tahun 2004 yang merupakan peraturan perundang-undangan kunci dalam proses desentralisasi kewenangan pemerintah pusat kepada pemerintah daerah. Revisi ini juga mencakup peralihan kewenangan pengelolaan laut kepada pemerintah provinsi-BLUD UPTD Pengelolaan KKP Kepulauan Raja Ampat sekarang berada dalam naungan Dinas Kelautan dan Perikanan (DKP) Provinsi Papua Barat Daya.
UU No. 27 Tahun 2007
Tentang Pengelolaan Wilayah Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil
UU ini menggunakan terminologi 'kawasan konservasi di wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil' yang, dalam peraturan turunan di tingkat menteri sekarang, berkembang menggunakan istilah 'kawasan konservasi di perairan' untuk merujuk kepada penetapan kawasan tertentu, termasuk bagi KKP Kepulauan Raja Ampat. UU ini telah direvisi melalui UU No. 6 Tahun 2023 tentang Cipta Kerja.
UU No. 45 Tahun 2009
Tentang Perikanan
UU ini merevisi UU No. 31 Tahun 2004, dan memperinci fungsi KKP sebagai salah satu pendekatan pengelolaan untuk melestarikan sumber daya perikanan. Dalam revisi UU ini terminologi 'kawasan konservasi perairan' sudah digunakan.
UU No. 1 Tahun 2014
Tentang Pengelolaan Wilayah Pesisir dan Pulau-pulau Kecil
Keberadaan dan pengelolaan KKP termasuk ke dalam Rencana Zonasi Wilayah Pesisir dan Pulau-pulau Kecil (RZWP-3-K)-dokumen tata ruang laut-sebagaimana diatur dalam perubahannya. Selain kawasan konservasi, RZWP-3-K juga mencakup pengelolaan kawasan pemanfaatan umum, kawasan strategis nasional tertentu, dan kawasan alur laut. UU ini merevisi UU No. 27 Tahun 2007.
UU No. 32 Tahun 2014
Tentang Kelautan
UU ini mengatur lebih jauh pengelolaan tersebut sebagai 'penyelenggaraan kegiatan, penyediaan, pengusahaan dan pemanfaatan sumber daya kelautan serta konservasi laut.' Lebih jauh, UU ini juga merupakan dasar hukum bagi pembangunan dan pengembangan kelautan, pengelolaan ruang laut, aspek pertahanan dan keamanan, penegakan hukum, keselamatan di laut, tata kelola dan kelembagaan, serta peran serta masyarakat.
UU No. 32 Tahun 2024
Tentang Konservasi Sumber Daya Alam Hayati dan Ekosistemnya
UU ini menjabarkan 'kawasan konservasi di perairan, wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil' sebagai bagian dari 'pengelolaan sumber daya alam hayati' dan 'perlindungan sistem penyangga kehidupan.' UU ini merevisi UU No. 5 Tahun 1990 yang juga menandakan perubahan pendekatan tugas pokok dan fungsi mengenai konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya menjadi lintas sektoral.