Proses perpindahan dan permukiman menyiratkan perpaduan hingga menjadikan Raja Ampat unik, yang merupakan rumah bagi manusia dengan beragam adat dan budaya, mulai dari masyarakat setempat-termasuk yang berasal dari daerah lain di Pulau Papua, masyarakat dari belahan lain Indonesia, hingga kepada warga negara asing yang berdatangan seiring dengan berkembangnya industri pariwisata.
Salah satu tetua Suku Maya di Teluk Mayalibit di tengah prosesi adat untuk melindungi kawasan lautnya.
Proses ratusan tahun tersebut juga memengaruhi kepercayaan asli-yaitu animisme dan dinamisme yang khas seperti daerah lainnya di Papua maupun Indonesia bagian timur pada umumnya-masyarakat Raja Ampat. Aktivitas perdagangan lazimnya diiringi dengan syiar Islam, sementara orang Eropa datang membawa ajaran Kristen. Sekarang, sebagian besar masyarakat di Raja Ampat memeluk Kristen, sementara sebagian lagi adalah muslim.
Tari Lelayon yang dipertunjukkan kelompok penari dari Kepulauan Misool. Masyarakat dari Maluku Utara diperkirakan telah berlayar ke Raja Ampat sejak tahun 1400-an.
Meskipun Bahasa Indonesia merupakan bahasa bagi semua warga Raja Ampat, namun pada umumnya masyarakat Raja Ampat juga menguasai bahasa daerah yang jumlahnya cukup banyak.
Masyarakat di Pulau Waigeo bagian tengah dan bagian timur Teluk Mayalibit berbicara Bahasa Ambel, Bahasa Biak dikuasai oleh masyarakat Suku Biak yang sudah mendiami Raja Ampat selama ratusan tahun, hingga Bahasa Ma'ya bagi sebagian penduduk di kampung-kampung di Teluk Kabui, dan bahasa daerah lainnya, termasuk bahasa daerah penduduk yang berasal dari daerah lain di Indonesia selain Papua.
Suling merupakan alat musik utama dalam Suling Tambur yang lazim dipertunjukkan oleh masyarakat adat Raja Ampat dalam kesempatan tertentu.
Masyarakat adat di Raja Ampat, seperti halnya dengan daerah lainnya di Pulau Papua, mendasari kepemilikan atas tanah dan air-baik di darat maupun di laut-secara turun temurun berdasarkan informasi yang disampaikan secara lisan melalui para tetua adat, yang biasanya adalah anak laki-laki tertua dari marga pemilik, dan lazimnya berdomisili di kampung induk-atau 'kampung tua.'
Masyarakat adat di Pulau Salawati menyelenggarakan prosesi adat untuk melindungi tiga biota laut, yaitu teripang, kerang, dan lobster, sekaligus melarang penggunaan alat tangkap perikanan yang merusak.
Entitas adat di Raja Ampat juga mengurusi hal-hal terkait dengan pengelolaan sumber daya alam hayati yang merupakan komoditas bernilai tinggi sekaligus penting bagi penghidupan masyarakat, perusakan lingkungan yang dilakukan oleh orang dari luar komunitas, hingga kepada hibah pakai untuk tujuan-tujuan yang dinilai penting bagi kepentingan umum.
Kerja sama antara masyarakat, pemerintah serta pengelola kawasan adalah kunci dalam mengelola KKP Kepulauan Raja Ampat.